Po swoich studiach powrócił na krótko do Polski aby w 1593 roku wyjechać do Pragi. Został tam dworzaninem a od 1598 doradcą dworu cesarza Rudolfa II. W międzyczasie, w roku 1595, był osobistym sekretarzem króla polskiego Zygmunta III więc jest bardzo prawdopodobne, że na dworze cesarza spełniał jakąś potajemną misję.Jeszcze przed przybyciem do Pragi poznał Weronikę Stiber z którą się ożenił i miał czwórkę dzieci. Weronika oraz dwójka ich dzieci zmarła w 1599 roku podczas zarazy.
Pobyt w Pradze to także liczne kontakty z najwybitniejszymi alchemikami, którzy w tamtym okresie licznie zamieszkiwali Pragę, oraz oskarżenie o doprowadzenie do bankructwa bogatego mieszkańca Pragi Ludwika Koraleka. Oskarżenie to zakończyło się procesem sądowym i korzystnym dla Sędziwoja wyrokiem.
W 1605 r. Sędziwój został uwięziony przez księcia Fryderyka z Wurtembergii, który żądał wyjawienia tajemnicy alchemicznej transmutacji. Uwolnienie alchemika nastąpiło dopiero po interwencjach Zygmunta III i Rudolfa II.
W latach 1607-1616 pracował razem z marszałkiem Wolskim przy wielkiej fabryce metalurgicznej w Krzepicach koło Częstochowy cały czas przeprowadzając eksperymenty alchemiczne. Zdobyte tam doświadczenie najwyraźniej zaprocentowało, bo dla następcy Rudolfa, cesarza Ferdynanda II, Sędziwój kierował budową kopalni ołowiu na Śląsku. To dobrze płatne zajęcie zostało zakłócone wojną trzydziestoletnią, która spowodowała kłopoty finansowe cesarza. Za zasługi dla Śląska i dla wyrównania strat Sędziwoja zostały mu nadane akty własności dwóch wsi. Gospodarzenie na włościach przysparzało jednak tyle kłopotów Sędziwojowi, że postanowił je sprzedać - niestety, nie zdążył tego zrobić, gdyż zmarł w 1636 roku.
Naukowiec i alchemik
Najsłynniejszym dokonaniem Michała Sędziwoja była transmutacja metalu w złoto, której to miał dokonać najpierw on sam a następnie również cesarz Rudolf II, za pomocą tynktury - sproszkowanego proszku - którą ofiarował mu alchemik. Na pamiątkę tego wydarzenia cesarz umieścił na ścianie komnaty marmurową tablicę z napisem:
Niechby inny tyle wniósł, co Sędziwój Polonus.
Po tym zdarzeniu Sędziwój został Radcą Stanu a na jego cześć wybito złoty medal.
Innym słynnym zdarzeniem wiązanym z Sędziwojem jest podejrzenie o spowodowanie do spółki z Mikołajem Wolskim, późniejszym wielkim marszałkiem królewskim, pożaru Wawelu. Pożar ten być może przyspieszył decyzję o przeniesieniu stolicy do Warszawy, tak więc i na rodzimym podwórku zasługi alchemika są znaczne...
Dzieła Michała Sędziwoja
Michał Sędziwój przez całe życie rozwijał swoją teorię chemiczną - była ona zgodna z duchem tamtych czasów przepełniona mistycyzmem, co nie zmienia jednak faktu, że był wybitnym przyrodnikiem a jego dzieła przez dwa wieki stanowiły podstawę dla studiujących nauki przyrodnicze a jego teoria centralnej nitry będącej pokarmem powietrznym to w gruncie rzeczy nic innego jak opis fundamentalnego dla całej ożywionej przyrody składnika powietrza - tlenu.
Najbardziej znane w tamtym okresie dzieła Sędziwoja to:
- "Traktat o kamieniu filozoficznym" (tytuł zmieniony przez autora na "Nowe światło chemii") miał 50 wydań w pięciu językach;
- "Dialog Merkuriusza, Alchemika i Natury" - 26 wydań;
- "Harmonia" - 13 wydań;
- "Traktat o soli" - 8 wydań;
- "Traktat o siarce" - 18 wydań.
Statuty Nieznanych Filozofów
Michał Sędziwój wierzył, że tylko niewielka i elitarna grupa filozofów potrafi prawidłowo zinterpretować i wykorzystać zjawiska przyrodnicze. Podążając za tą myślą Sędziwój podpisywał swoje prace różnorodnymi pseudonimami starając się zawsze pozostawać w ukryciu. Opierając się na takich przesłanka oraz wcześniejszych pracach Zbigniew Szydło w swojej pracy "Woda, która nie moczy rąk" dowodzi, że dla ochrony ważnych odkryć Sędziwój powołał Stowarzyszenie Filozofów i napisał dla nie swego rodzaju konstytucję: Statuty Nieznanych Filozofów.
Statuty opisują strukturę i sposób tworzenia organizacji zrzeszającej filozofów. Stowarzyszenie powinno mieć charakter międzynarodowy - szczegółowo opisane jest kto i w jakich okolicznościach może zostać do Stowarzyszenia przyjęty: członkiem może zostać tylko osoba głęboko wierząca w Boga ale jednocześnie musi to być osoba "wolna" w wyrażaniu swoich myśli (członkiem nie może być np. osoba związana żadnymi ślubami posłuszeństwa, co wykluczało zakonników i władców). Do Stowarzyszenia przyjęte mogą zostać osoby tylko polecone przez obecnego członka. Nowo przyjęty przyjmuje imię (najlepiej kabalistyczne, będące anagramem własnego imienia wstępującego) i dla podkreślenia rangi tego wydarzenia bierze udział w ceremonii - najlepiej religijnej. Równie dokładnie opisane są zadania i sposób życia jaki wieść powinni członkowie Stowarzyszenia. Otóż powinni oni interesować się badaniami prowadzonymi przez osoby nie będące członkami stowarzyszenia i pomagać im bezinteresownie w pracy. Takie postępowanie miało ochronić samych zainteresowanych jak i cały świat przed wpływami zła
Idąc dalej tym samym tokiem rozumowania, a w szczególności kierując się podobieństwem (zarówno ideowym jak i językowym) pomiędzy Statutami i innymi pracami Sędziwoja a Famą Fraternitatis Szydło sugeruje, że to właśnie Michał Sędziwój zainicjował ruch Różokrzyżowy sam będąc protoplastą dla postaci Christiana Rosencreutz-a.
Sędziwój w literaturze
O Michale Sędziwoju powstało wiele prac naukowych - m.in. Zbigniewa Szydło "Woda, która nie moczy rąk" oraz Józefa Bohdana Dziekońskiego "Sędziwój: szkic o życiu i twórczości".
Michał Sędziwój, jego eksperymenty i historia były inspiracją dla trylogii fantastycznej Andrzeja Pilipiuka: "Kuzynki, Księżniczka, Dziedziczki" oraz powieści "Pan Samochodzik tajemnica alchemika Sędziwoja" (pisanej pod pseudonimem Tomasz Olszakowski).