Negatywne znaczenie synkretyzmu podkreśla w szczególności teologia chrześcijańska, gdzie jest on traktowany właśnie jako zatracenie czystości pierwotnej doktryny. Owa "czystość" formalnie oznacza co do zasady postawienie w centrum postaci Jezusa Chrystusa, jednak w praktyce przejawia się najczęściej jako wierność jakiemuś wzorcowi - im ktoś bardziej ogranicza się do tego wzorca, tym większa jego "czystość", i odwrotnie: im więcej elementów spoza tego wzorca, tym mniejsza czystość. Oczywiście nawet jeśli weźmiemy dwa przejawy "czystego", w swoim własnym rozumieniu, chrześcijaństwa, to nie znaczy, że będą się wzajemnie akceptowały i uznawały za takie, bo zawsze "źródło" drugiej strony można uznać za nieakceptowalne.